Po jej ukończeniu został, już w randze komandora podporucznika (Lieutenant Commander), oficerem odpowiedzialnym za obronę przeciwpodwodną we Flocie Atlantyckiej, a od 1928 roku Flocie Śródziemnomorskiej Royal Navy.
W 1933 roku awansował do stopnia komandora porucznika (Commander) i został dowódcą niszczyciela HMS "Shikari". Jeszcze w tym samym roku przeniesiono go do China Station, jako dowódcę stacjonującego tam slupa HMS "Falmouth". Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej powrócił do Wielkiej Brytanii na stanowisko wykładowcy w HMS „Osprey”.
Po rozpoczęciu działań wojennych służył początkowo w sztabie wiceadmirała Bertrama H. Ramsaya, gdzie był oficerem odpowiedzialnym za ochronę przeciwpodwodną podczas ewakuacji Dunkierki. We wrześniu 1941 roku został dowódcą slupa i 36. Grupy Eskortowej (36th Escort Group), bazującej w Liverpoolu. Podczas swego debiutu bojowego, w obronie konwoju HG-76, zespół dowodzony przez Frederica Walkera przyczynił się do zatopienia czterech U-Bootów, zaś jego okręt 19 grudnia 1941 roku skutecznie zaatakował bombami głębinowymi i staranował U-574. Akcja ta przyniosła dowódcy grupy pierwszy Distinguished Service Order. Do chwili opuszczenia przez Walkera stanowiska dowódcy, 36.