W latach 80. poddany został szeregowi szykan ze strony państwa (przeszukania domowe, przesłuchania, 28 odmów na wnioski o wyjazdy zagraniczne). Dopiero w 1989 otrzymał z rąk prezydenta RP tytuł profesora, chociaż odpowiedni wniosek o profesurę został wystosowany przez wydział i potwierdzony przez Senat już w 1982 – był on jednak blokowany przez PZPR. Do 2005 kierował Zakładem Literatury Instytutu Germanistyki UW.

Działalność Prace Karola Sauerlanda zyskały szerokie uznanie w Niemczech, co wyraziło się m.in. w przyznaniu mu Nagrody Humboldta w 1995. Prowadził liczne wykłady gościnne – w 1988 prowadził jako zastępca Adolfa Muschga wykłady na Politechnice Federalnej w Zurychu, w semestrze zimowym 1988/89 oraz w 1997 gościł z wykładami na Uniwersytecie Jana Gutenberga w Moguncji. W 1994 był stypendystą oraz profesorem na tamtejszym Wolnym Uniwersytecie. Od semestru zimowego 2004/05 przez dwa semestry wykładał w Instytucie Fritza Bauera na Uniwersytecie Goethego we Frankfurcie nad Menem, a w semestrze zimowym 2005/06 na Uniwersytecie w Hamburgu. W 2008 objął profesurę gościnną im. Franza Rosenzweiga na Uniwersytecie w Kassel. Od 2009 do 2011 był profesorem Uniwersytetu Jana Ewangelisty Purkyňe w Uściu nad Łabą (wykładał w Katedrze Germanistyki), w latach 2011–2012 profesorem Akademii im.