Podczas wojny domowej w Palestynie w latach 1947–1948 stacja znajdowała się pomiędzy terenami kontrolowanymi przez Arabów i Żydów, i została poważnie zniszczona. Gdy 13 maja 1948 Jafa została zajęta przez żydowskie oddziały Irgunu, stacja kolejowa w Jafie przestała być ostrzeliwana przez arabskich snajperów. Podczas wojny o niepodległość w 1948, Siły Obronne Izraela utworzyły w rejonie stacji bazę wojskową, która służyła jako magazyn broni oraz ośrodek koncentracji oddziałów bojowych. Oficjalne zamknięcie stacji kolejowej nastąpiło 15 sierpnia 1948. Baza wojskowa została opuszczona dopiero w latach 80. XX wieku.
Wykorzystanie stacji Stacja składa się z około dwudziestu budynków powstałych w różnych okresach historii miasta – z okresu osmańskiego, mandatu brytyjskiego i niepodległego państwa Izraela.
W 2004 rozpoczęto realizację projektu rewitalizacji kompleksu stacji kolejowej Jafa. W 2010 odnowiony kompleks został otworzony dla publiczności. Kompleks zawiera restauracje, sklepy i wystawy. Centrum kultury, rekreacji i wypoczynku zajmuje powierzchnię 20 hektarów.