Pomimo tych działań doszło jednak do spotkania z siłami egipskimi. Król zajął pozycje z natury obronne. Między wrogami była wąska rzeka o wysokich brzegach. Król wysłał nad nią całą konnicę i lekkozbrojną piechotę, by zamknąć przejście Cezarowi. Rzymianie jednak wyszli z tego klinczu. Jeźdzcy szukając brodów, przeprawili się w miejscach o niższych brzegach. Legioniści po ścięciu drzew, które sięgały drugiego brzegu, przeszli na drugą stronę. Egipcjanie widząc trudną sytuację, postanowili uciekać. Tylko nieliczni dotarli do obozu króla. Cezar potem pokonał Egipcjan. Król uciekając z obozu, dostał się podobno na statek, który będąc obciążony uciekinierami zatonął. Cezar po załatwienu spraw egipskich wyruszył do Syrii. Mitrydates prawdopodobnie towarzyszył w jego kampanii przeciwko Farnakesowi II, królowi Bosporu.
Po zwycięstwie nad nim w bitwie pod Zelą (21 maja 47 p.n.e.) Cezar dokonał podziału między tetrarchów, królów i miasta. Za lojalność Mitrydates został ustanowiony królem bosporańskim. Otrzymał także prawdopodobnie tetrarchię Trokmijczyków we wschodniej Galacji, którą Cezar zabrał Dejotarowi I Filoromajosowi. Mitrydates skłoniony przez Cezara miał za zadanie prowadzić wojnę z Asandrem, który był zabójcą Farnakesa oraz objął po nim tron Bosporu.