Izba Reprezentantów Florydy Pod koniec 1999 roku zarządzono wybory uzupełniające do Izby Reprezentantów stanu Floryda w 111. okręgu wyborczym, obejmującym Miami. Okręg ten był uznawany za bezpieczny dla Partii Republikańskiej, dlatego kluczowym wyzwaniem dla Rubio było uzyskanie partyjnej nominacji. W kampanii przedstawiał się jako umiarkowany republikanin, opowiadając się m.in. za obniżkami podatków oraz wsparciem edukacji wczesnoszkolnej.
W prawyborach republikańskich, które odbyły się 14 grudnia 1999 roku, Rubio zajął drugie miejsce, jednak zwyciężył w drugiej turze wyborów o nominację partyjną, pokonując Ángela Zayona różnicą 64 głosów. Następnie, 25 stycznia 2000 roku, wygrał wybory uzupełniające, pokonując kandydatkę Partii Demokratycznej Anastasię Garcię, uzyskując 72% głosów.
W listopadzie 2000 roku Rubio został ponownie wybrany, tym razem bez kontrkandydata. W 2002 roku został ponownie wybrany na drugą kadencję bez opozycji. W 2004 roku został ponownie wybrany na trzecią kadencję, zdobywając 66% głosów. W 2006 roku został ponownie wybrany na czwartą kadencję bez opozycji.
Rubio zasiadał w Izbie Reprezentantów Florydy przez prawie dziewięć lat.