Gdy inwazja Kilaaków została zdławiona, Baragon wraz z innymi potworami wrócił na archipelag Ogasawara, gdzie żył w spokoju.
Pierwotnie miał wystąpić w scenie ataku na Paryż, gdzie miał on zniszczyć tamtejszy Łuk Triumfalny, jednak został zastąpiony Gorozaurem.
Seria Millenium Baragon wystąpił w filmie Wielka bitwa potworów, gdzie wraz z Królem Ghidorą i Mothrą był jednym z trzech strażników broniących Japonii przed wielkimi niebezpieczeństwami. Baragon był . Wszyscy strażnicy zostali zbudzeni przez Hirotoshiego Isayamę, by powstrzymali Godzillę będącego personifikacją żądnych zemsty pomordowanych ludzi przez Japonię w czasach II wojny światowej.
Baragon ujawnił się grzebiąc w tunelu niedaleko góry Myōkō, powodując lawinę, która zabiła gang motocyklistów. Przerażony kierowca ciężarówki będący świadkiem wziął go za Godzillę i taką wersję podał władzom. Baragon nadal drążył pod ziemią, co interpretowano przez władze jako trzęsienie ziemi z ruchomym epicentrum. Baragon pojawił się na wsi w pobliżu posterunku policji, uwalniając Isayamę z więzienia. Baragon kontynuował podróż przez kraj i został błędnie zidentyfikowany przez wielu naocznych świadków jako „czerwony Godzilla”. W końcu Baragon spotkał samego Godzillę i zaatakował go.