System sekrecji typu IV (T4SS/TFSS) 150px|right T4SS jest homologiczny do bakteryjnych pilusów koniugacyjnych. Jest głównym mechanizmem, dzięki któremu bakterie wydzielają i pochłaniają cząsteczki DNA lub białek. Precyzyjne działanie jego mechanizmu pozostaje nieznane. Został odkryty u Agrobacterium tumefaciens, która używa T4SS do wprowadzania plazmidu Ti do roślinnej komórki-gospodarza, co powoduje chorobę zwaną guzowatością korzeni. Helicobacter pylori używa T4SS do wprowadzania CagA do komórek nabłonkowych jelita, co jest wiązane z tworzeniem się raka żołądka. Bordetella pertussis, bakteria powodująca krztusiec, wydziela toksyny przez T4SS. Legionella pneumophila, powodująca chorobę legionistów, korzysta ze zmodyfikowanego T4SS (T4BSS) do wprowadzania toksyn do komórek eukariotycznego gospodarza.
System sekrecji typu V (T5SS) 150px|right Również nazywany systemem autotransporterowym, T5SS wykorzystuje system Sec do przekroczenia wewnętrznej błony komórkowej. Białka przekraczające tę błonę mają zdolność fałdowania w ten sposób, że część ich łańcucha wystaje poza komórkę. Często wystająca część jest odcinana, co pozwala jej znaleźć się na zewnątrz komórki.