Obydwa pogórza rozdziela szeroka płaskodenna dolina Wisłoki mająca założenia tektoniczne. Wykształciła się w niej Kotlina Brzostecka, w której znajduje się miasto Brzostek. Ukształtowanie terenu miasta jest typowe dla terenów podgórskich. Wysokość bezwzględna rynku Brzostku, koło budynku Urzędu Miejskiego w Brzostku, wynosi 221,8 m n.p.m.
Gleby W okolicy Brzostku dominują gleby brunatne wyługowane, brunatne kwaśne, pseudobielicowe i rędziny. Ich przydatność rolnicza jest silnie zróżnicowana, należą one jednak głównie do średniourodzajnych, mało zasobnych w przyswajalne składniki pokarmowe. Charakteryzują je dobre stosunki wodne, dość głęboki poziom próchniczy oraz lekkie zakwaszenie. W Kotlinie Brzosteckiej występowały dawniej moczary oraz bagna, aczkolwiek w XX w. przeprowadzono melioracje, które doprowadziły do ich osuszenia.
Struktura użytków rolnych według poszczególnych klas bonitacyjnychNajlepsze gleby to klasy I-III, a słabe – V-VI.:
Wody Brzostek położony jest w dorzeczu Wisły, a głównym ciekiem odwadniającym tereny miasta jest Wisłoka, płynąca w przybliżeniu wzdłuż zachodniej granicy miasta. Na wysokości miasta ma ona charakter rzeki górskiej, płynącej naturalnym, nieobwałowanym, łagodnie meandrującym, żwirowym korytem.