W maju 1772 roku do Brzostku wkroczyły wojska austriackie. Miejscowość pod zaborem znalazła się najpierw w cyrkule pilzneńskim, a po zmianie granic, w cyrkule dukielskim. Okoliczna szlachta brała udział w powstaniu listopadowym. W 1846 roku szlachta z okolic Brzostku planowała wzniecić powstanie. Austriackie władze wykryły jednak spisek i w celu zapobiegnięcia rebelii Joseph Breinl, starosta tarnowski, polecił chłopom, by zabijali lub pochwycali powstańców. Krwawe ataki na dwory miały miejsce w całej okolicy. Na ich czele stanął chłop z pobliskiej Smarżowej (dawn. Smarzowej), Jakub Szela. Opanował on ponad 50 wsi, w tym sąsiadujące z Brzostkiem, lecz samego miasta nie udało mu się zdobyć.
W roku 1854 Brzostek stał się siedzibą powiatu, który w 1867 roku włączono do powiatu pilzneńskiego. W 1852 roku Ignacy Łukasiewicz, twórca lampy naftowej, otworzył w mieście swoją aptekę. Na początku XX wieku rozpoczęto budowę linii kolejowej łączącej Dębicę z Jasłem, mającej przebiegać przez Brzostek, jednak inwestycję przerwał wybuch I wojny światowej.