Pod panowaniem weneckim i tureckim W 1206 roku flota wenecka pojawiła się u brzegów Peloponezu i wykorzystując słabość łacińskiego garnizonu Modonu zdobyła miasto. Pod rządami Wenecjan Modon nadal rozwijał się jako ważny punkt tranzytowy w drodze z Europy do krajów Orientu, pełniąc rolę ośrodka handlowego, wojskowego i kulturalnego. Wenecjanie na gruzach dawniejszych twierdz wznieśli potężny zamek. Z tego okresu pochodzą też najwcześniejsze świadectwa obecności Romów w Europie. Według zachowanych opisów na wzgórzu pod miastem znajdowała się osada namiotów wędrownego ludu trudniącego się wróżbiarstwem i graniem na instrumentach.
12 sierpnia 1499 roku nieopodal Modonu eskadra wenecka poniosła klęskę w bitwie z Turkami. W sierpniu 1500 roku twierdzę zdobył sułtan Bajazyd II na czele stutysięcznej armii. Rozkazał wymordować wszystkich mieszkańców płci męskiej, a kobiety i dzieci sprzedać w niewolę. Na mocy traktatu podpisanego w 1503 roku Wenecjanie zrzekli się praw do miasta. Twierdza pozostała w rękach tureckich do 1828 roku. Przejściowo znalazła się pod władzą Joannitów i Wenecjan. W 1770 roku bez powodzenia zaatakowali Modon powstańcy greccy wspierani przez posiłki rosyjskie dowodzone przez Piotra Dołgorukowa. 24 lutego 1825 roku w Modonie wylądowała licząca 50 okrętów flota egipska pod dowództwem Ibrahima Paszy.