Chcąc przybliżyć pozycję nowego rodzaju na drzewie rodowym Ceratopsia, Xe i inni wykonali analizę filogenetyczną, w której wykorzystali dwie macierze danych używane już wcześniej w podobnych badaniach tej grupy zwierząt, z pracy Makovicky'ego oraz opisu Cerasinops Chinnery i Hornera. Pierwsza z nich z wykorzystaniem metody największej parsymonii umożliwiła uzyskanie trzech drzew, zastosowanie następnie metody strict consensus zaowocowało następującym kladogramem (uproszczono):
Podobnej procedurze badacze poddali macierz danych Chinnery i Hornera. Otrzymali tutaj 6 drzew największej parsymonii, których strict consensus przedstawiono poniżej (uproszczono):
W obu przypadkach Zhuchengceratops leży w nierozwikłanej politomii z dwoma innymi rodzajami Leptoceratopsidae: leptoceratopsem i Udanoceratops, z którymi łączą go pewne cechy szczęki. Autorzy podają liczne zaawansowane ewolucyjnie cechy nowego rodzaju. Pewnymi cechami kości przypominał wręcz Ceratopsidae, choć aparatem gębowym nawiązywał raczej do bardziej bazalnych taksonów leptoceratopsów.