W trakcie akcji Werwolf doszło do wielu morderstw, rabunków i gwałtów na ludności cywilnej. Egzekucje jako narzędzie masowego terroru przeprowadzano w tzw. Rotundzie Zamojskiej, gdzie rozstrzelano ok. 8000 osób. Ogółem wysiedlono od 30 do 60 tys. osób ze 171 wsi w powiatach: biłgorajskim, tomaszowskim, zamojskim i hrubieszowskim. Większość trafiła do obozów koncentracyjnych, m.in. w Lublinie na Majdanku. 4454 dzieci zostało wywiezionych do III Rzeszy, gdzie zostały zgermanizowane. Prowadzona przez niemieckie władze okupacyjne w latach 1941–1943 akcja wysiedlania ludności polskiej z obszaru Zamojszczyzny była częścią zakrojonego na dużą skalę planu nowej kolonizacji zajętych przez Niemców terenów Europy Środkowowschodniej. W latach 1939–1944 łącznie wysiedlono z tych terenów około 110 tys. Polaków z 297 wsi„Wysiedlenia wypędzenia i ucieczki 1939-1959 Atlas ziem polskich”, Demart 2008, ..