Podczas potopu szwedzkiego, a szczególnie w wyniku akcji pacyfikacyjnej hetmana polnego litewskiego Wincentego Gosiewskiego (dzień po zwycięskiej bitwie pod Prostkami) miasto zostało totalnie zniszczone, a cały region złupiony i wyludniony.
Przed reformacją parafia ełcka należała do archiprezbiteratu w Reszlu. Od XVI w. aż do 1945 dominowali ewangelicy. Udział ludności polskojęzycznej w tej części Prus i w rejonie Ełku był przeważający i jeszcze długo po sekularyzacji kazania w kościele ełckim prowadzono wyłącznie w języku polskimSłownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, red. F. Sulimierski, B. Chlebowski, W. Walewski, Tom II, Warszawa 1881, s. 348.. W latach 1543–1552 w Królewcu i w Ełku wydano więcej książek w języku polskim niż w całej Rzeczypospolitej. W 1546 założono w Ełku szkołę przykościelną z lekcjami w j. polskim, która bardzo szybko osiągnęła wysoki poziom, o czym świadczy fakt, że w latach 1549–1580 aż 48 absolwentów szkoły studiowało na uniwersytecie w Królewcu. Jej pierwszym rektorem był polski drukarz i jeden z twórców literackiej polszczyzny Hieronim Malecki. W 1587 przekształcono ją oficjalnie w szkołę partykularną, czyli przygotowującą do studiów uniwersyteckich. Językiem obowiązującym był polski w odmianie literackiej, a nie dialekcie mazurskim.