Oprócz Carta Caritatis dużą rolę w życiu cystersów odgrywały ustalenia zapadające na zebraniach kapituły generalnej. Główną w niej rolę pełnili: archiopat Cîteaux oraz opaci 4 pierwszych filii: La Ferté, Pontigny, Clairvaux i Morimond. Kapituła generalna miała absolutną władzę sądowniczą i ustawodawczą – niepodporządkowanie karano ekskomuniką. Corocznie, w dniu 14 września, w dzień Podwyższenia Krzyża Pańskiego wszyscy opaci cysterskich klasztorów mieli obowiązek stawić się w Citeaux przed kapitułą (praktycznie ten stan utrzymał się do czasów reformacji). Organizowano też zjazdy kapituł lokalnych np. w Wągrowcu w dniu 19 czerwca 1580 r. z udziałem przedstawicieli Clairvaux.
Bardzo ważną i praktyczną, okazała się wynikająca z reguły zakonnej, zasada utrzymywania ścisłych więzi między klasztorem macierzystym a klasztorami filialnymi. Opat klasztoru filii musiał raz w roku odwiedzić klasztor macierzysty. Opat klasztoru matki naznaczał, a przynajmniej zatwierdzał opatów w podległych mu filiach. Dla przykładu, zgodnie z tą zasadą klasztor w Jędrzejowie był filią klasztoru w Morimondzie, a jednocześnie matką dla klasztoru w Rudach Raciborskich, zaś ten był matką dla opactwa w Jemielnicy. W 1585 r. cesarz Rudolf II Habsburg zerwał tę zasadę mianując w Rudach opata z Niemiec.