Pozostała część miasta leży w dorzeczu Odry, a ściślej Olzy, przy czym południowa i wschodnia część miasta to dorzecze dopływu Olzy, Pietrówki (wpadają do niej Cisówka, Pająkówka oraz za pośrednictwem Pielgrzymówki – Bzianka i Ruptawa), a zachodznia i centralna część miasta leży w dorzeczu innego dopływu Olzy, Szotkówki (do niej wpadają Jastrzębianka i Ruptawka, a do Ruptawki – Gmyrdek). Zbiorniki wodne znajdujące się na obszarze miasta są głównie wypełnionymi wodą zapadliskami górniczymi, a także osadnikami wód dołowych i poflotacyjnych.
Przyroda mały|upright|lewo|Jastrzębski las Jastrzębie-Zdrój zbudowane zostało w miejscu istniejących wcześniej pól uprawnych, łąk i stawów hodowlanych często oddzielonych jarami i lasami. Pozostałości takiego krajobrazu w centrum miasta zachowały się m.in. przy ul. Cieszyńskiej, gdzie znajduje się Ośrodek Wypoczynku Niedzielnego. Na terenie miasta istnieje również Park Zdrojowy z ponad 70 gatunkami drzew.