W 1953 roku został w trybie natychmiastowym przeniesiony do rezerwy, co uzasadniano jego sanacyjną przeszłością.
Po przejściu do cywila został lekarzem w jednej z gdyńskich przychodni, a wkrótce jej kierownikiem. Pracował również w ambulatorium Państwowej Szkoły Morskiej. Po przejściu na emeryturę w 1968 roku pozostał aktywnym zawodowo, między innymi prowadząc zajęcia dydaktyczne dla oficerów floty handlowej i uczestnicząc w konferencjach naukowych Katedry Medycyny Morskiej Wojskowej Akademii Medycznej. W 1990 roku został awansowany do stopnia komandora, zaś w 2000, w setną rocznicę urodzin, odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Był mężem Sabiny (1908−1999).
Zmarł w wieku 102 lat i został pochowany z honorami wojskowymi na cmentarzu komunalnym przy ul. Spokojnej w Gdyni (sektor 22-10-29_1). W pogrzebie uczestniczył między innymi dowódca Marynarki Wojennej, admirał floty Ryszard Łukasik.
Wspomnienia komandora Bolesława Szwaczyka zostały opublikowane w wydanym w 2004 roku przez Akademię Marynarki Wojennej zbiorze Moja droga na morze.