Dzięki udanym występom na drugim poziomie rozgrywkowym Sobotą zainteresowało się kilka klubów z Ekstraklasy, m.in. Górnik Zabrze i GKS Bełchatów. Najbardziej konkretny okazał się jednak Śląsk Wrocław, z którym 9 czerwca 2010 zawodnik podpisał czteroletni kontrakt. 12 sierpnia 2010 zadebiutował w Ekstraklasie w spotkaniu z Jagiellonią Białystok. Dzięki dobremu występowi kibice Śląska wybrali go na najlepszego zawodnika tego spotkania, a niektóre media umieściły go w jedenastce kolejki. Na początku września tygodnik „Piłka Nożna” umieścił go w najlepszej jedenastce sierpnia. Również wrocławscy kibice nagrodzili go tytułem najlepszego gracza Śląska w sierpniu. 18 września 2010 w spotkaniu z Widzewem Łódź Sobota zdobył swoją pierwszą bramkę w Ekstraklasie. Ze Śląskiem w sezonie 2010/2011 zdobył wicemistrzostwo Polski, a w sezonie 2011/2012 wywalczył mistrzostwo oraz Superpuchar Polski.
31 sierpnia 2013 podpisał czteroletni kontrakt z belgijskim Club Brugge. Klub z Brugii zapłacił za Sobotę milion euro. W Eerste klasse zadebiutował 14 września 2013 w meczu z Lierse SK (4:1). Trzy miesiące później, 15 grudnia 2013, otwierając wynik spotkania z Royal Charleroi strzelił swojego pierwszego gola w lidze belgijskiej