Wieś położona w końcu XVI wieku w powiecie proszowskim województwa krakowskiego była własnością klasztoru norbertanek na Zwierzyńcu w Krakowie.
Od połowy owego wieku coraz bardziej popularna była przestronna, piaszczysta droga z Krakowa na Śląsk, biegnąca przez wieś. Pod koniec XVIII w. przybrała kształt ulicówki. 13 października 1847 otwarto stację kolejową. Według austriackiego spisu ludności z 1900 w 130 budynkach w Zabierzowie na obszarze 553 hektarów mieszkało 1147 osób, z czego 1090 (95,0%) było katolikami, 50 (4,4%) wyznawcami judaizmu, 4 (0,3%) grekokatolikami, a 3 (0,3%) innej religii lub wyznania, 1136 (99%) było polsko-, a 11 (1%) niemieckojęzycznymi.
W czasie II wojny światowej w Zabierzowie istniała silna placówka Armii Krajowej, nosząca kryptonim „Smuga”. 3 lutego 1943 r. w domu rodziny Poganów w Zabierzowie Gestapo zatrzymało wszystkich, którzy weszli do prowadzonego przez nią sklepu. W wyniku tej zasadzki 30 osób trafiło do więzienia Montelupich w Krakowie, a następnie część z nich do obozu Auschwitz-Birkenau. Wśród zatrzymanych był również por. Piotr Olek ps. „Gołąb”, dowódca placówki AK. Zginął on w czasie nieudanej próby ucieczki. W 1993 r. przy ul. Rodziny Poganów wzniesiono pomnik upamiętniający żołnierzy AK w Zabierzowie.