Eparchia barnaułska – jedna z eparchii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Do czasu podziału w 2015 obejmowała obszar Kraju AłtajskiegoБарнаульская епархия. Jej obecnym biskupem ordynariuszem jest metropolita barnaułski i ałtajski Sergiusz (Iwannikow).
Historia Prawosławie jest obecne na terytorium Kraju Ałtajskiego od momentu osiedlenia się tam pierwszych Rosjan. Pierwsze cerkwie zostały wzniesione w regionie w pierwszej połowie XVIII w.. Od 1830 Rosyjski Kościół Prawosławny prowadził akcję misyjną wśród rdzennych mieszkańców regionu, z główną siedzibą w Bijsku. Jej twórca, mnich Makary (Głuchariow), został po śmierci uznany za świętego.
W 1834 ziemia ałtajska została włączona w jurysdykcję eparchii tomskiej, zaś w latach 1924–1929 stanowiła część eparchii nowosybirskiej. W 1930 powstała samodzielna eparchia barnaułska i bijska, która została zlikwidowana w 1938, w okresie prześladowań Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego przez władze stalinowskie. Do 1994 ziemia ałtajska ponownie należała do eparchii nowosybirskiej. Na skutek prześladowań prawosławnych w Związku Radzieckim, z ponad 600 świątyń działających na ziemi ałtajskiej przed rewolucją październikową w 1945 istniały tylko trzy: sobór Opieki Matki Bożej w Barnaule, sobór Zaśnięcia Matki Bożej w Bijsku oraz cerkiew św. Michała Archanioła w Rubcowsku.