Podczas podróży Jeremiasz spotkał się z rosyjskim carem Fiodorem I a także z Borysem Godunowem, który skłonił Jeremiasza do utworzenia patriarchatu moskiewskiego. 26 stycznia 1589 r. Jeremiasz wyniósł dotychczasowego metropolitę moskiewskiego Hioba (ros. Иов) do rangi patriarchy moskiewskiego. W maju następnego roku odbył się w Konstantynopolu sobór prawosławnych patriarchów, na którym potwierdzono decyzję o utworzeniu nowego patriarchatu. Przyznano wówczas Moskwie piąte miejsce w randze ważności patriarchatów prawosławnych, co wywołało niezadowolenie cara Fiodora, dopominającego się większego uznania ze strony pozostałych Cerkwi.
W czasie przygotowań, związanych z utworzeniem w Moskwie nowego patriarchatu, padła wysunięta przez Borysa Godunowa propozycja, dotycząca przeniesienia siedziby patriarchy z opanowanego przez Turków Konstantynopola do Moskwy, stolicy jedynego podówczas wolnego państwa prawosławnego. Jeremiasz odrzucił tę propozycję, podobnie jak i inną, dotyczącą objęcia przez niego funkcji patriarchy moskiewskiego. Patriarcha wrócił do Konstantynopola w 1590 r.