W okresie II wojny światowej grzebano na cmentarzu żołnierzy Wojska Polskiego, żołnierzy niemieckich, jeńców brytyjskich, a w 1945 roku żołnierzy Armii Czerwonej.
Po 1945 roku cmentarzem zaczęło zarządzać miasto, uporządkowano pochówki żołnierskie, przeprowadzono ekshumacje oraz utworzono odrębne kwatery żołnierzy różnych armii, rozszerzono cmentarz i zaczęto chować na nim osoby cywilne, a numeracja kwater była kontynuacją numeracji cmentarza Rakowickiego. Oprócz żołnierzy spoczywają na nim ludzie nauki, kultury, artyści, politycy, sportowcy.
Przy ul. Prandoty znajduje się nowa Aleja Zasłużonych.
Kwatery
Powstańcy styczniowi thumb|Groby weteranów Powstania styczniowego 21 stycznia 1919 r., w 56. rocznicę wybuchu powstania, otrzymali rozkazem Naczelnika Państwa Józefa Piłsudskiego, honorowy tytuł poruczników-weteranów WP i prawo noszenia galowego munduru. Otrzymali też prawo do pochówku na nowo utworzonym cmentarzu wojskowym w Krakowie. Są to dwa niewielkie rzędy grobów w kwaterach 1 i 3, w których pochowano 17 powstańców. Ich groby mają jednolitą formę, a fundowane były przez Polskie Towarzystwo Opieki nad Grobami Bohaterów.
W pasie 106.