Od 1998 albańscy separatyści zmienili taktykę działania, rezygnując z metody bojkotu na rzecz walki zbrojnej (według władz Jugosławii – terroryzmu), w której główną siłą stała się istniejąca od 1992 Armia Wyzwolenia Kosowa
Narastający konflikt doprowadził ostatecznie do wybuchu wojny w Kosowie w latach 1998–1999. Między 24 marca 1999 a 10 czerwca 1999 lotnictwo NATO prowadziło bombardowanie Jugosławii, które według oficjalnych deklaracji NATO miało doprowadzić do zakończenia działań wojennych i łamania praw człowieka na terytorium KosowaThe situation in and around Kosovo..
W rezultacie bombardowania Kosowo znalazło się pod tymczasowym zarządem ONZ. Skutkiem bombardowań była również ucieczka z prowincji ponad 164 tys. Serbów (od czerwca 1999) i bliżej nieokreślonej liczby Romów. Serbowie, którzy pozostali w zdominowanym przez Albańczyków Kosowie, zamieszkiwali w chronionych przez siły stabilizacyjne KFOR enklawach. Według raportu Human Rights Watch byli wielokrotnie celem ataków, w tym ze skutkiem śmiertelnym, ze strony przeważającej ludności albańskiej.