16 sierpnia 1945 przyjechał do Warszawy, gdzie rozpoczął pracę jako konserwator w Państwowej Pracowni Konserwacji Zabytków Architektury. Następnie wyjechał do Wrocławia, gdzie dokonał oceny zniszczeń zabytkowych budowli na terenie Starego Miasta. Od 26 sierpnia do 13 września 1945 dokonał lustracji 25 kościołów, ratusza oraz 34 domów przy Rynku i przyległych ulicach. Wynik lustracji opisał na 58 stronach rękopisu.
Działalność w Gdańsku po roku 1945 15 października 1945 przyjechał do Gdańska i niezależnie od pracy konserwatorskiej zaczął pracę na Politechnice Gdańskiej na stanowisku kierownika Katedry Historii Architektury Powszechnej na Wydziale Architektury. Oficjalnie na stanowisko konserwatora w Gdańsku został powołany w marcu 1946 i pełnił tę funkcję do 1951. Prowadził wykłady z Historii Architektury, a od 1953 z Konserwacji Zabytków, opracowując jednocześnie skrypt z tego przedmiotu. Od 1950 prowadził także wykłady z Historii Architektury w Wyższej Szkole Sztuk Plastycznych w Gdańsku.
Prof. Stanisław Lorentz ocenił wkład Jana Borowskiego w ratowanie zabytków Gdańska następująco: Jego żoną była Halina de domo Szumska-Szuman.