W okresie teologicznych sporów drugiej połowy XVI stulecia uniwersytet był centrum luterańskiej ortodoksji (Matthias Flacius). Po wojnie trzydziestoletniej przeżył okres rozkwitu i między 1706 a 1720 r. z liczbą 1800 studentów znalazł się w czołówce niemieckich uczelni. Okres baroku wyraził się we wspaniałych budowlach miejskich. Dwór książęcy zachęcał do troski o sztukę i muzykę. W 1570 r. działalność rozpoczęło Collegium Musicum, które organizowało koncerty akademickie.
Zmniejszenie uprawy wina, spadek liczby studentów i kłopoty drukarstwa w XVIII wieku spowodowały kryzys miejskiej gospodarki. W 1788 r. finanse miasta poddane zostały pod zarząd przymusowy. W okresie rządów księcia Karola Augusta (1775-1828) oraz jego ministra Johanna Wolfganga Goethego nowe ideały z Weimaru wywarły wpływ na Jenę i doprowadziły do drugiego okresu rozkwitu uniwersytetu. Goethe poświęcił mu swój urzędowy i osobisty wkład. W 1794 r. zaprzyjaźnił się z Friedrichem Schillerem, który od 1789 r. pracował jako profesor i do 1799 r. mieszkał w mieście.