W listopadzie doszło do antyżydowskich ekscesów. W następstwie tego wiele rodzin i samotnych Żydów wyemigrowało za granicę. W latach 1942–1945 pozostałych Żydów wywożono do gett i obozów zagłady, gdzie ich mordowano. W niektórych klinikach dochodziło do aktów przymusowej sterylizacji i eutanazji. Pomimo to działały grupy oporu, które ukrywały poszukiwanych, a także wyrażały swój sprzeciw wobec faszyzmu i wojny w postaci rozdawania ulotek i innych akcji. Gdy w czasie wojny tysiące robotników przymusowych przywieziono do jeńskich zakładów zbrojeniowych, nawiązała się współpraca między nimi a miejscowymi grupami oporu. Doszło nawet do zamachu bombowego na miejscową siedzibę NSDAP pod koniec wojny.
W czasie II wojny światowej alianckie naloty bombowe spowodowały poważne zniszczenia, szczególnie w lutym i marcu 1945 r. Najcięższe bombardowanie miało miejsce 19 marca 1945 r. Podczas ostrzału miasta przez amerykańską artylerię 11 kwietnia 1945 r. zginęło 40 osób. Dwa dni później oddziały armii USA wzięły miasto bez walki. W czasie wojny zniszczono 15% powierzchni miasta, a podczas ataków bombowych zginęło 850 osób. 1 lipca 1945 r. miasto zajęły wojska Armii Czerwonej, Jena stała się częścią radzieckiej strefy okupacyjnej Niemiec. Łącznie na miasto zrzucono 870 ton bomb.