Panis wygrał Grand Prix Monako 1996, ale poza tym Ligier nie odniósł w roku 1996 sukcesów.
Sprzedaż Na sezon 1997 Bigois zaprojektował napędzany silnikami Mugen Honda model JS45. Kierowcami byli Olivier Panis i Shinji Nakano. Kilka tygodni po prezentacji samochodu ujawniono, że Briatore sprzedał zespół Alainowi Prostowi, a Ligier został przemianowany na Prost Grand Prix. Prost bez większych sukcesów startował do sezonu 2001, po czym upadł.
W 2004 roku Guy Ligier przejął kontrolę nad Automobiles Martini, a w 2005 roku wybudował nowy samochód sportowy JS49. W 2014 roku w wyścigu 24h Le Mans został wystawiony model JS P2, będący wynikiem kooperacji Ligiera i Onroak. W debiucie JS P2 zajął drugie miejsce w klasie LMP2, a rok później był trzeci.
Wyniki w Formule 1