Opady są zróżnicowane. Na południowej części wybrzeża będącej pod wpływem Prądu Peruwiańskiego, który nie przynosi opadów, średnia roczna opadowa wynosi w granicach 400–500 mm. Niewielkie jak na strefę równikową są także opady w kotlinach śródgórskich. Północne regiony otrzymują średnio 1300 mm, zaś południowe jedynie 400 mm. Większe opady występują we wschodniej części kraju. Wschodnie przedgórza Andów i Nizina Amazonki otrzymują średnia powyżej 2000 mm rocznie. Największe opady notuje się na północnym krańcu wybrzeża, rocznie do 3000 mm. Śnieg pada jedynie wysoko w górach, powyżej 4000 m n.p.m.
Wody Ekwador należy do zlewisk Oceanu Spokojnego i Oceanu Atlantyckiego (w tym obszarze dorzecze Amazonki). Sieć rzek jest gęsta, szczególnie na wschodzie kraju. Wszystkie większe rzeki wchodzą w skład dorzecza Amazonki. Są to Napo (800 km w granicach Ekwadoru), Pastaza (640 km w granicach Ekwadoru), Morona i Putumayo. Do Pacyfiku uchodzą krótkie rzeki, których większość bierze początek na zachodnich zboczach Kordyliery Zachodniej. Najdłuższymi są Esmeraldas (320 km), Guayas (160 km) i Daule.
W Ekwadorze nie ma większych jezior. W Andach są jeziora polodowcowe. Na wysokościach powyżej 4500 m n.p.m. występują lodowce górskie. Obszary bagienne są m.in.