W styczniu 1996 roku zorganizowano zgromadzenie okręgowe pod hasłem „Rozradowani chwalcy Boga”, w którym uczestniczyło 4424 osób, a 285 ochrzczono. W roku 1996 liczba głosicieli wzrosła o ponad 60%. W 1997 roku przekroczono ponad 5000 głosicieli, a pięć lat później ponad 10 000. W latach 1997–1998 ponad 100 głosicieli straciło życie, zachowując neutralność w wyniku działalności bojówek na północy kraju, inni byli z tego powodu aresztowani.
W lutym 1999 roku do Biura Krajowego skierowano małżeństwo misjonarzy Jennifer i Ralpha Jonesów. Rodzina Betel liczyła wówczas 21 osób. 6 marca tego samego roku w Kigali na działce przydzielonej miejscowemu zborowi oddano do użytku Salę Królestwa oraz prostą Salę Zgromadzeń. Okolicznościowe przemówienie wygłosił Jean-Jules Guilloud ze szwajcarskiego Biura Oddziału. W maju 2000 roku w Rwandzie utworzono samodzielne Biuro Oddziału oraz rozpoczęto przygotowania do budowy nowego Betel. W grudniu 2000 roku w Kigali zorganizowano pierwszą klasę Kursu Usługiwania w Rwandzie, w której znalazło się 28 studentów z Burundi, Demokratycznej Republiki Konga i Rwandy.