207–208.).
Pomimo odsunięcia od stanowiska pozostał zwolennikiem totalitarnych rządów Tiso, który w 1944 r. próbował ponownie podjąć z nim współpracę, do czego jednak nie doszło wobec negatywnego stanowiska III Rzeszy. Ďurčanský organizował jednak opór przeciwko Armii Czerwonej do marca 1945 r., kiedy uciekł do Austrii. Następnie przez Szwajcarię dotarł do Watykanu, gdzie powołał Słowacki Komitet Wykonawczy, przemianowany później na Słowacki Komitet Wyzwoleńczy.
W podporządkowanej Związkowi Radzieckiemu Czechosłowacji został w 1947 r. zaocznie skazany na karę śmierci jako zbrodniarz wojenny odpowiedzialny za eksterminację słowackich Żydów. Oskarżenia wobec Ďurčanskiego postawione przez sąd ludowy nie były kwestionowane przez Komisję Narodów Zjednoczonych do spraw Zbrodni Wojennych (UNWCC), a CIA dostarczyła w 1951 r. akta dotyczące Ďurčanskiego.