W grze Metal Gear Solid 3: Snake Eater jest jeszcze młodym agentem CIA o kryptonimie Naked Snake, który zabija swoją mentorkę The Boss, wykorzystywanej przez rząd w tajnej misji po której mogła być zapamiętana jedynie jako zbrodniarka wojenna wobec USA i ZSRR. Snake po zabiciu kobiety zostaje odznaczony tytułem Big Boss, sam jednak czuje traumę z powodu zabójstwa tak bliskiej mu osoby, zwłaszcza po dowiedzeniu się o prawdziwych okolicznościach jej "zdrady".
Później Snake dołącza do organizacji Cipher. Tam wbrew jego woli zostaje sklonowany, czego wynikiem jest powstanie Solid Snake'a, Liquid Snake'a i Solidusa Snake'a. Kiedy Snake się o tym dowiaduje, opuszcza organizację.
Po wydarzeniach z gry Peace Walker, Snake uznaje, że jego mentorka pod koniec walki pozwoliła by Jack ją postrzelił, tym samym pozwoliła na to by o zapomniano o tym kim naprawdę była. Żołnierz postanawia, że nie pozwoli, by ludzie o nim zapomnieli, nawet jeżeli oznaczałoby to zostanie terrorystą.