W latach 90. XX w., oprócz pociągów osobowych relacji Kudowa–Kłodzko, kursowały całoroczne pociągi pospieszne do: Warszawy Wschodniej (przez Ostrów Wlkp., Łódź), Gdyni Głównej (przez Poznań, Bydgoszcz), Lublina (przez Katowice, Kielce).
Po roku 2000, ze względu na pogarszający się stan techniczny linii, zaczęto stopniowo ograniczać liczbę połączeń, zarówno osobowych, jak i pospiesznych.
1 kwietnia 2006 roku, równocześnie z zamknięciem linii z Kłodzka do Wałbrzycha, zawieszono kursowanie pociągów z Kłodzka do Kudowy-Zdroju. Po akcji protestacyjnej samorządowców z powiatu kłodzkiego oraz gmin powiatu, obejmującej liczne monity oraz pikietę przed urzędem marszałkowskim we Wrocławiu, z początkiem czerwca 2006 r. połączenia wznowiono.
W trakcie prac nad regulaminem udostępniania tras przewoźnikom w rozkładzie jazdy 2008/2009 zarządca infrastruktury ograniczył planowaną prędkość na linii Kłodzko – Kudowa-Zdrój oraz Jelenia Góra – Szklarska Poręba Górna do 0 km/h, co uniemożliwiłoby przewoźnikom prowadzenie po tych trasach ruchu pociągów. Takie plany wywołały stanowczy protest samorządu wojewódzkiego oraz Dolnośląskiej Organizacji TurystycznejPolskie Radio Wrocław, 2005-08-28 Nie będzie pociągów do Szklarskiej Poręby i do Kudowy?