Rzeki i jeziora mały|Park na Słodowie Główną rzeką przepływającą przez miasto jest Wisła, dzieląca Włocławek na część prawobrzeżną (północna część miasta) i lewobrzeżną, odcinek przepływający przez miasto liczy 18 km. We wschodniej części miasta wody Wisły są spiętrzone zaporą, tworząc tzw. Zbiornik Włocławski (Jezioro Włocławskie). Kolejna ważna rzeka to Zgłowiączka (6,5 km odcinek na terenie miasta), której ujście do Wisły w X wieku stało się miejscem lokalizacji grodu książęcego. We wschodniej części miasta przepływa Rybnicka Struga, która poprzez tzw. Kanał Główny (Zuzankę) uchodzi do Wisły. Przez Włocławek przepływają także rzeka Chełmiczka (na os. Zarzeczewo) oraz okresowe wody rowu Zofijka (na os. Zofijka), które również wpadają do Wisły. mały|Ogród na Pompce, Włocławek Największe jeziora na terenie miasta to: Jezioro Włocławskie, Jezioro Czarne, Rybnica, Krzywe Błota oraz zanikające jezioro Grzywno. mały|Ogrody przy Pałacu Bursztynowym
Tereny zielone Parki i obszary chronione Lasy zajmują w mieście łącznie 2211,49 ha, zieleń miejska 258,167 ha (parki, zieleńce, skwery), a ogrody działkowe 182,18 haStan Środowiska Miasta Włocławek, Załącznik nr 1, Włocławek wrzesień 2003, s. 48–52 .. We mały|Bulwary im. Marszałka J.