Występuje tutaj również bogata fauna innych kręgowców, liczne gatunki zagrożone oraz prawnie chronione,
„Włocławska Dolina Wisły” – ostoja obejmuje odcinek dolnej Wisły, od tamy we Włocławku do Nieszawy. Położony jest w południowo-wschodniej części Kotliny Toruńskiej, która jest częścią Pradoliny Toruńsko – Eberswaldzkiej. Obszar obejmuje koryto rzeki Wisły na odcinku około 30 km wraz z terenami zalewowymi. Granice obszaru przebiegają wzdłuż krawędzi skarpy terasy zalewowej lub wałów przeciwpowodziowych. Występują tu piaszczyste wyspy, starorzecza, strome skarpy, krawędzie erozyjne i podcięcia. W wodach Wisły żyją rzadkie gatunki ryb m.in. kiełb białopłetwy, minog rzeczny. Gniazdują m.in. bocian czarny, bielik, żuraw, derkacz.
Okolice miasta Bezpośrednio z miastem sąsiaduje Gostynińsko-Włocławski Park Krajobrazowy – powstał w 1979 roku jako jeden z pierwszych parków krajobrazowych w Polsce, liczy 38 950 ha. Zamieszkują go m.in.