Szczególnie rozwinięty był handel żelazem, tkaninami i sitami.
mały|Most Kapucyński w Škofjej Loce
Z przekazów historycznych wynika, że w XIV wieku miasto otoczone było murami obronnymi z pięcioma wieżami i pięcioma bramami miejskimi. Škofja Loka cieszyła się statusem miasta autonomicznego. W 1457 roku została splądrowana i spalona przez Jana Vitovca, dowódcę wojskowego hrabiów Celje. W 1476 roku miasto zaatakowały oddziały tureckie. W kolejnych stuleciach było kilkakrotnie nawiedzane przez epidemie dżumy.
W 1511 roku Škofja Loka została poważnie zniszczona w wyniku trzęsienia ziemi, którego epicentrum znajdowało się w Idriji. Odbudową miasta kierował ówczesny biskup Filip, feudalny właściciel tych ziem. Niektóre budynki wzniesione po tej katastrofie zachowały się do dziś, jednak Górna Wieża (Stolp na Gorenjem gradu) nie została odbudowana i pozostała w ruinie.
Era nowożytna Niszczycielskie dla miasta były pożary w latach 1660 i 1698. W 1789 roku rozebrano mury i zlikwidowano bramy miejskie.