W momencie ustanowienia nagrody, jej wysokość wynosiła 50 milionów jenów, a od 2018 roku wysokość nagrody to 100 milionów jenów. Laureaci otrzymują również medal i dyplom. Medal, ważący około 250 gramów, wykonany jest z 20 karatowego złota i ozdobiony ośmioma kamieniami szlachetnymi: czterema szmaragdami i czterema rubinami. Rewers medalu zawiera imię laureata oraz rok przyznania. Medal zaprojektował Yoshiyuki Chosa. Prawa strona dyplomu zawiera informacje o laureacie, kategorię nagrody i datę nadania. Lewa strona zawiera kaligrafię wykonaną przez opata świątyni Myōshin-ji, wybraną na podstawie życiorysu i osiągnięć laureata ze zbioru tradycyjnych chińskich sentencji.
Podczas pierwszej ceremonii wręczenia nagrody, specjalną nagrodę otrzymała Fundacja Nobla. W 1985 roku Kazuo Inamori konsultował ideę Nagrody Kioto z ówczesnym prezesem Fundacji Nobla, Baronem Stigem Ramelem. Jednym z kluczowych rezultatów konsultacji jest rygorystyczny i bezstronny wybór kandydatów, kierując się międzynarodowym punktem widzenia.
Nagroda Kioto nazywana jest „japońskim Noblem”. Swoim zasięgiem obejmuje jednak więcej dziedzin nauki. Nagradza też rozwój teorii, nie tylko osiągnięcia o wymiarze praktycznym.