W przypadku seminarium bydgoskiego zdecydowano, iż będzie ono kształcić nauczycieli wyznania ewangelickiego, zaś seminarium w Poznaniu zostanie przekształcone w szkołę dla nauczycieli katolików. Ostatecznie koncepcja ta upadła i zarządzeniem gabinetowym z 25 lipca 1825 w Bydgoszczy powołano odrębne seminarium katolickieBłażejewski Stanisław, Kutta Janusz, Romaniuk Marek: Bydgoski Słownik Biograficzny. Tom VI. Bydgoszcz 2000. , s. 90..
Seminarium ewangelickie nabrało charakteru niemieckiego od 1825 r., a w 1829 r. zostało ulokowane w zlikwidowanym przez władze pruskie klasztorze bernardynów. W jego organizacji i rozwoju istotne zasługi miał bydgoski radca regencyjny Gustav Runge, od 1865 r. Honorowy Obywatel Bydgoszczy.
Pobliski kościół pobernardyński w 1830 r. oddano do użytku gminie ewangelickiej, a w 1860 r. został przeznaczony na symultaniczny kościół garnizonowy. W latach 1864–1865 dokonano gruntownej przebudowy klasztoru i kościoła pobernardyńskiego pod kierunkiem Ferdinanda von Quasta, piastującego od roku 1843 urząd konserwatora zabytków na terenie Prus. W trakcie prac restauracyjnych m.in. zlikwidowano znajdujące się od strony zachodniej krużganki z kopułowymi kaplicami w narożach i wolno stojącą kaplicę loretańską.