18 lutego 2009 Sejmowa Komisja Spraw Zagranicznych pozytywnie zaopiniowała jego kandydaturę na stanowisko ambasadora w Peru, nie otrzymał jednak nominacji prezydenta Lecha Kaczyńskiego. Jego nominację na stanowiska ambasadora w Peru, Boliwii i Ekwadorze podpisał dopiero 18 czerwca 2010 pełniący obowiązki prezydenta Bronisław KomorowskiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 18 czerwca 2010 r. nr 110-3-2010 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej () oraz Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 18 czerwca 2010 r. nr 110-5-2010 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. W listopadzie 2010 zrezygnował ze stanowiska po ujawnieniu przez prasę informacji o wszczęciu przez Instytut Pamięci Narodowej wobec niego postępowania lustracyjnego za zatajenie związków z SB, niemniej w sposób formalny został odwołany z zajmowanych stanowisk dopiero 23 marca 2011, z mocą od 10 kwietnia 2011Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 23 marca 2011 r. nr 110-17-2011 w sprawie odwołania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. Sąd Apelacyjny wyrokiem z sierpnia 2016 roku uznał, że Jarosław Spyra złożył zgodne z prawdą oświadczenie lustracyjne.