Podstawowym dokonaniem Roberta Boyle’a było jednak zerwanie z alchemiczną tradycją, w ramach której wierzono, że tych pierwiastków jest od 3 do 7, przy czym ich lista powstawała z rozważań teoretycznych, a nie na podstawie danych eksperymentalnych. Współcześnie wiadomo, że pierwiastków jest ponad 100 i że poszczególne pierwiastki są tworzone przez atomy, które mają w jądrze jednakową liczbę protonów.
Indywiduum chemiczne to z kolei substancja, w której występuje jeden rodzaj molekuł. Jeśli molekuły te są nienaładowanymi cząsteczkami, nieposiadającymi niesparowanych elektronów, to wówczas indywidua te nazywa się związkami chemicznymi. Związek chemiczny to zatem substancja, która składa się z jednego rodzaju cząsteczek.
Inne indywidua chemiczne to: jony – czyli atomy i cząsteczki mające niezerowy wypadkowy ładunek elektryczny, rodniki – czyli atomy i cząsteczki mające przynajmniej jeden niesparowany elektron (a zatem niezerowy spin).
Oprócz czystych pierwiastków i związków chemicznych w naturze występują ich różnorakie mieszaniny.