Sprawa wyszła na jaw w lutym 2010 roku. Haker Adrian Lamo, który dowiedział się od Manning, że ta przekazała dokumenty serwisowi WikiLeaks, uznał, że musi ją wydać. Manning została aresztowana w Kuwejcie, a potem trafiła do więzienia w stanie Wirginia. W lipcu 2010 roku przedstawiono jej zarzuty ujawnienia tajnych informacji dotyczących obrony narodowej. Groziła jej kara dożywotniego pozbawienia wolności.
Proces Manning rozpoczął się przed sądem wojskowym 3 czerwca 2013. 30 lipca Manning została uznana za winną szpiegostwa, zdrady tajemnicy państwowej, oszustw komputerowych oraz kradzieży; uniewinniono ją od najcięższego zarzutu – „pomagania wrogom Stanów Zjednoczonych”. 21 sierpnia została skazana na 35 lat pozbawienia wolności, degradację do stopnia szeregowej (amerykański private, ze stopnia private first class – starszego szeregowego) i wydalenie ze służby.
Po ogłoszeniu wyroku Manning ogłosiła, że jest osobą transpłciową i poprosiła, aby używać wobec niej nowego imienia – Chelsea i form żeńskich.