Ogłoszony przez Zarząd Krajowy OZZPiP strajk generalny z grudnia 2000 zakończył się podpisaniem przez prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego nowelizacji ustawy o negocjacyjnym kształtowaniu wynagrodzeń. Podczas strajku liderką mazowieckich struktur związku została Longina Kaczmarska, która po 2001 poparła reformę ministra zdrowia Mariusza Łapińskiego zastępującą kasy chorych Narodowym Funduszem Zdrowia.

W kwietniu 2001 przewodnicząca związku Bożena Banachowicz podpisała z ramienia OZZPiP porozumienie na wybory do parlamentu z prezesem Polskiego Stronnictwa Ludowego Jarosławem Kalinowskim i liderem Polskiej Racji Stanu Dariuszem Grabowskim.

15 kwietnia 2002 związek przystąpił do Forum Związków Zawodowych.

W listopadzie 2003 wspólnie z NSZZ „Solidarność”, Federacją Związków Zawodowych Pracowników Ochrony Zdrowia, Forum Związków Zawodowych i Ogólnopolskiego Porozumienia Związków Zawodowych zorganizował w Warszawie przemarsz zakończony przekazaniem petycji przeciwko prywatyzacji służby zdrowia.

W 2005 siedziba OZZPiP została przeniesiona z Włocławka do Warszawy.