W 1860 pozostałe zwłoki zebrano w mogiłach zbiorowych i rozebrano katakumby. Pięć lat później teren ostatecznie zniwelowano, pozostałe płyty nagrobne wmurowano w ogrodzenie, a na terenie dawnych kwater dokonano nasadzeń drzew i krzewów.
W latach 1883–1885 na terenie pocmentarnym wybudowano kościół Świętych Apostołów Piotra i Pawła. W jego mur wmurowano płyty nagrobne pochodzące z dawnego cmentarza. W 1886 w północno-wschodniej części terenu dawnej nekropolii wybudowano monumentalne mauzoleum rodziny Przeździeckich. W 1902 rozebrano jedno z ostatnich cmentarnych mauzoleów, należące do rodziny Grabowskich. Mauzoleum Przeździeckich zostało poważnie uszkodzone podczas powstania warszawskiego, jego cegły i elewacja frontowa posłużyły do budowy kościoła Matki Bożej Częstochowskiej na cmentarzu Bródnowskim.
W 2020 roku teren dawnego cmentarza został wpisany do rejestru zabytków. W 2023 roku parafia św. Barbary, pomimo negatywnej opinii Narodowego Instytutu Dziedzictwa, uzyskała pozwolenie na budowę na terenie dawnej nekropolii nowoczesnego domu parafialnego. Inwestycja wzbudziła kontrowersje.