Ocenia się, że w okresie funkcjonowania obozu przebywało w nim ok. 14 tysięcy Żydów, z czego ok. 7 tysięcy zginęło lub zostało zamordowanych; oprócz nich straciło tu życie ok. 5 tys. jeńców radzieckich i 3 tys. Polaków (m.in. 12 kwietnia 1944 roku w Pustkowie rozstrzelano 60 Polaków przywiezionych do prac na poligonie z więzienia na Zamku w Rzeszowie) tak, że łączna liczba śmiertelnych ofiar obozu wynosi około 15 tysięcy osóbTrzystu więźniów uciekło z obozu 8 lipca 1943.. Zwłoki więźniów palono w krematorium, zlokalizowanym na zboczu Królowej Góry. Tuż przed wkroczeniem do obozu wojsk radzieckich ewakuowano w lipcu do obozu Mauthausen-Gusen ostatnią grupę 460 więźniów żydowskich, z których większość dotrwała do wyzwolenia; innych więźniów obozu wywieziono wówczas do Ravensbrück i Oranienburga.
Teren poligonu niemieckiego w Pustkowie był silnie umocniony i w bitwie, która tu się rozegrała pomiędzy 20 a 22 sierpnia 1944, poległo około tysiąca żołnierzy radzieckich; pochowano ich na utworzonym tu cmentarzu wojskowym, zlokalizowanym nieopodal znajdujących się w Pustkowie zakładów tworzyw sztucznych.