16 lipca 1990 r. Rada Ministrów wydała rozporządzenie w sprawie nadania statutu organizacyjnego MSW.. W następnych latach struktura resortu była zmieniana i uzupełniana kolejnymi rozporządzeniami (z 1 grudnia 1990 r.., z 9 września 1991 r.., z 14 stycznia 1992 r.., z 24 kwietnia 1992 r.., z 2 lutego 1993 r.., z 24 listopada 1994 r.. i z 4 lipca 1996 r..).
Minister kierował podległym mu urzędem za pomocą sekretarza i podsekretarzy stanu, dyrektora generalnego oraz dyrektorów komórek organizacyjnych. Funkcje opiniodawczo-konsultacyjne pełnił Polityczny Komitet Doradczy przy Ministrze Spraw Wewnętrznych, utworzony rozporządzeniem Rady Ministrów z 9 lipca 1990 r.. (zastąpił on strukturę powołaną uchwałą nr 171 Rady Ministrów z 11 grudnia 1989 r.).
W połowie 1996 r. organizacja MSW przedstawiała się następująco:
Komórki organizacyjne ministerstwa: Gabinet Ministra Zespół Doradców Ministra Inspektorat Nadzoru i Kontroli Departament Spraw Obywatelskich Departament Administracyjny Departament Finansów Departament PESEL Biuro Prawne Biuro Spraw Obronnych Biuro Administracyjno-Gospodarcze Biuro Kadr Biuro do Spraw Migracji i Uchodźstwa Centralne Archiwum