Zastępujący Melchizedeka mnich Gabriel (Gawryło), pod naciskiem lokalnej administracji, po pewnym czasie zabronił przyjmowania chłopów.
W kwietniu 1768 roku monaster został obrabowany przez nieznanych sprawców. 22 maja 1768 roku klasztor został zaatakowany ponownie, przez kilkuset napastników „w polskiej odzieży”. Cztery dni później w pobliskim Żabotyniu rozlokował się oddział konfederatów barskich. Pod wpływem pogłoski, iż mają oni zamiar napaść na monaster i wobec wcześniejszej nieudanej próby uzyskania pomocy gubernatora Żabotynia, mnisi porzucili zabudowania klasztorne.
Na terenach należących do monasteru, w , został sformowany pierwszy oddział Maksyma Żeleźniaka, który rozpoczął następnie koliszczyznę. Koniec XVII i XVIII w. był okresem spadku znaczenia klasztoru. W 1800 roku na jego terenie została wzniesiona nowa cerkiew, która po dwóch latach, z powodu błędów w projekcie, zawaliła się. W 1805 roku została zastąpiona kolejną świątynią.
W 1845 roku w klasztorze przebywał Taras Szewczenko, który uczynił go tematem jednej ze swoich akwarel. Według danych z 1847 roku wspólnota Monasteru Motronińskiego liczyła 45 mnichów i posłuszników.