Eugen Naumann zmarł w Poznaniu (z powodu niewydolności krążenia) 4 lutego 1880 r., w wieku 77 lat. Pochowany został obok zmarłej w 1865 r. żony na cmentarzu ewangelickim przy ul. Półwiejskiej (obecnie nieistniejącym, jego część zajmuje park Generała Jana Henryka Dąbrowskiego przy ul. Ogrodowej). Odszedł „…człowiek światły i sprawiedliwy…” Jego życiorys i zasługi przypomniano w „Posener Zeitung”; w prasie polskiej zgon ten nie znalazł szerszego oddźwięku. Prawdopodobnie stało się tak dlatego, iż jego zastępca Kohleis był konsekwentnym realizatorem polityki kanclerza Ottona von Bismarcka, który występował stanowczo przeciwko narodowym i politycznym aspiracjom Polaków w Rzeszy. Pamięć Naumanna uczczono nadaniem jego imienia ulicy (dziś Działyńskich) i zbudowanej przy niej w latach 1884–1885 szkole średniej dla chłopców.
Żoną Naumanna była od 1830 r. Ulricke Kaskel. Ze związku tego narodziło się dwóch synów, Richard i Heinrich, oraz pięć córek: Elise, Marie, Berta, Helene i Clara.