Część przedrewolucyjnego duchowieństwa eparchii emigrowała w 1922 do Mandżurii razem z wycofującymi się Białymi.
W 1945 eparchia władywostocka została formalnie zlikwidowana i włączona do eparchii chabarowskiej i władywostockiej. Od 1948 jej dawne terytorium należało do eparchii irkuckiej, zaś od 1988 – do eparchii chabarowskiej i władywostockiej.
31 stycznia 1991 eparchia władywostocka została reaktywowana, zaś jej pierwszym ordynariuszem po odnowie został arcybiskup Mikołaj (Szkrumko). W grudniu 1991 na jej terytorium istniało 15 parafii obsługiwanych przez 15 kapłanów. W kolejnych latach liczba nowych lub reaktywowanych parafii systematycznie wzrastała. Ponownie otwarte zostały również klasztory – żeński Ussuryjski Monaster Narodzenia Matki Bożej w 1993 i męski Ussuryjski Monaster Trójcy Świętej i św. Mikołaja w 1995. Według danych z 2006 eparchia liczyła 88 parafii, do których należało 110 cerkwi i kaplic;