Sukcesy zewnętrzne Henryk zawdzięczał lojalności wobec cesarza Karola V Habsburga, która dla tego ostatniego była szczególnie cenna w niespokojnym okresie rozwoju reformacji w Niemczech. Za przykładem cesarskim Henryk opowiedział się przeciwko nowinkom religijnym i stał się aż do śmierci główną ostoją katolicyzmu na terenie Dolnej Saksonii, mimo otoczenia przez władców protestanckich. Podłoże religijne miały spory księcia z protestanckimi miastami – Goslarem oraz największym miastem jego księstwa, Brunszwikiem. Te konflikty doprowadziły w 1542 do ataku protestanckiego związku szmalkaldzkiego, wskutek czego Henryk musiał uchodzić ze swego księstwa, gdzie mogła dzięki temu rozwijać się reformacja. Próba powrotu księcia w 1545 nie powiodła się, a sam Henryk dostał się wówczas do niewoli u landgrafa heskiego Filipa Wielkodusznego.