Kariera trenerska Zaraz po zakończeniu kariery piłkarskiej Trejo wyjechał do Niemiec, gdzie osiadł na stałe i w tym kraju spędził kolejne czternaście lat. W tym czasie wyrobił licencję trenerską, pierwsze szlify w tym zawodzie zbierając jako członek sztabu szkoleniowego klubu SpVgg Unterhaching. W latach 1992–1994 pracował natomiast w akademii młodzieżowej Bayernu Monachium, gdzie pełnił rolę asystenta trenera zespołu do lat dziewiętnastu. W późniejszym czasie powrócił do ojczyzny, w latach 1994–1998 będąc wiceprezesem do spraw sportowych stołecznego zespołu Club Necaxa, gdzie odpowiadał między innymi za rozwój drużyn juniorskich. W międzyczasie, w latach 1995–1997, był zatrudniony przez Meksykański Związek Piłki Nożnej na stanowisku dyrektora sportowego reprezentacji, a ponadto był asystentem w drużynie narodowej podczas Igrzysk Olimpijskich w Atlancie oraz cyklu przygotowawczego do Mistrzostw Świata 1998.