W czasie działań poniosły ciężkie straty.
W związku z doświadczeniami z Francji, samoloty Lysandery zostały wycofane z działań bojowych i pełniły tylko funkcje pomocnicze, służyły do ratowania zestrzelonych u brzegów Anglii lotników (ich lokalizowania i zrzucania nadmuchiwanych pontonów dinghy przenoszonych pod skrzydełkami), rzadziej do rozpoznania. Od 1943 roku służyły już wyłącznie do szkolnictwa (holowania celów).
Od połowy 1941 roku Lysandery z dodatkowymi podkadłubowymi zbiornikami paliwa, używane były do służby specjalnej – współpracy z ruchem oporu w okupowanej Francji. W takim charakterze używały ich dwa dywizjony RAF: 138 i 161. Dzięki właściwościom krótkiego startu i lądowania, w specjalnym czarnym malowaniu, lądowały one nocami na przygotowanych lądowiskach i służyły do przerzutu ludzi, w tym agentów SOE. Maksymalnie w wariancie przeciążonym można było zabrać w kabinie strzelca 4 pasażerów, normalnie 2-3. Samoloty te były nieuzbrojone dla zmniejszenia masy. Ogółem przerzucono do Francji między sierpniem 1941 a końcem 1944 roku 293 osoby i zabrano z powrotem 500.