Po kolejnych zmianach organizacyjnych służby zdrowia Wojska Polskiego, w 1925 r. szpital bydgoski został przeformowany w filię Szpitala Okręgowego nr 8 w Toruniu, liczącą 100 łóżek i nie posiadającą własnej gospodarki materiałowej. W 1928 r. władze wojskowe w Toruniu podjęły decyzję o rozformowaniu Szpitala Wojskowego w Bydgoszczy. Zwiększyły się wówczas koszty leczenia poprzez konieczność częstych dojazdów osób uprawnionych do Szpitala Okręgowego w Toruniu. W ten sposób Bydgoszcz pozostała do 1939 roku bez stacjonarnego Wojskowego Zakładu Leczniczego, podczas gdy filie tego typu istniały m.in. w Grudziądzu, Gdyni (od 1932 r.), Ciechocinku i Inowrocławiu.
Duży kompleks budynków po zlikwidowanym szpitalu bydgoskim pozostał do 1939 roku pod zarządem władz garnizonu bydgoskiego. W gmachu głównym umieszczono cerkiew prawosławną i salę teatralną, a w pawilonie graniczącym z Resursą Kupiecką sześcioklasową szkołę powszechną, utrzymywaną przez Stowarzyszenie „Rodzina Wojskowa”.
Okres okupacji W czasie okupacji obiekt wykorzystywano jako niemiecki szpital wojskowy.